所得稅法第三章營利事業所得稅第三節規範了營利事業所得額的計算與相關稅務處理，包括應稅與免稅所得的成本分攤、未付款項的收入認列及特定收入的課稅原則。短期票券利息、自金融資產或不動產證券化受益的利息、自國內其他事業獲配的股利等，均依條例規範是否納入所得額。營利事業的利息收入需按持有期間計算並扣繳稅款，而認購權證交易損益則依發行損益併計課稅。海運業務按船舶淨噸位計算所得，且須連續適用十年。房屋及土地交易所得依持有年限適用不同稅率，交易損失可自未來十年內所得扣抵。國際運輸與國外影片事業按收入比例核定所得額，避免成本分攤困難導致稅務漏洞。境內分支機構須單獨設帳課稅，投資收益免稅以避免重複課稅。相關條例確保營利事業稅務處理合理透明，兼顧稅基穩定與經濟活力。
第24條
營利事業所得之計算，以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額。所得額之計算，涉有應稅所得及免稅所得者，其相關之成本、費用或損失，除可直接合理明確歸屬者，得個別歸屬認列外，應作合理之分攤；其分攤辦法，由財政部定之。
營利事業帳載應付未付之帳款、費用、損失及其他各項債務，逾請求權時效尚未給付者，應於時效消滅年度轉列其他收入，俟實際給付時，再以營業外支出列帳。
營利事業有第十四條第一項第四類利息所得中之短期票券利息所得，除依第八十八條規定扣繳稅款外，不計入營利事業所得額。但營利事業持有之短期票券發票日在中華民國九十九年一月一日以後者，其利息所得應計入營利事業所得額課稅。
自中華民國九十九年一月一日起，營利事業持有依金融資產證券化條例或不動產證券化條例規定發行之受益證券或資產基礎證券，所獲配之利息所得應計入營利事業所得額課稅，不適用金融資產證券化條例第四十一條第二項及不動產證券化條例第五十條第三項分離課稅之規定。
總機構在中華民國境外之營利事業，因投資於國內其他營利事業，所獲配之股利或盈餘，除依第八十八條規定扣繳稅款外，不計入營利事業所得額。
第24-1條
營利事業持有公債、公司債及金融債券，應按債券持有期間，依債券之面值及利率計算利息收入。
前項利息收入依規定之扣繳率計算之稅額，得自營利事業所得稅結算申報應納稅額中減除。
營利事業於二付息日間購入第一項債券並於付息日前出售者，應以售價減除購進價格及依同項規定計算之利息收入後之餘額為證券交易所得或損失。
自中華民國九十九年一月一日起，營利事業以第一項、前條第二項、第三項規定之有價證券或短期票券從事附條件交易，到期賣回金額超過原買入金額部分之利息所得，應依第八十八條規定扣繳稅款，並計入營利事業所得額課稅；該扣繳稅款得自營利事業所得稅結算申報應納稅額中減除。
第24-2條
經目的事業主管機關核准發行認購（售）權證者，發行人發行認購（售）權證，於該權證發行日至到期日期間，基於風險管理而買賣經目的事業主管機關核可之有價證券及衍生性金融商品之交易所得或損失，應併計發行認購（售）權證之損益課稅，不適用第四條之一及第四條之二規定。但基於風險管理而買賣經目的事業主管機關核可之認購（售）權證與標的有價證券之交易損失及買賣依期貨交易稅條例課徵期貨交易稅之期貨之交易損失，超過發行認購（售）權證權利金收入減除各項相關發行成本與費用後之餘額部分，不得減除。
經目的事業主管機關核可經營之衍生性金融商品交易，其交易損益，應於交易完成結算後，併入交易完成年度之營利事業所得額課稅，不適用第四條之一及第四條之二規定。
第24-3條
公司組織之股東、董事、監察人代收公司款項不於相當期間照繳，或挪用公司款項，應按該等期間所屬年度一月一日臺灣銀行之基準利率計算公司利息收入課稅。但公司如係遭侵占、背信或詐欺，已依法提起訴訟或經檢察官提起公訴者，不予計算。
公司之資金貸與股東或任何他人未收取利息，或約定之利息偏低者，除屬預支職工薪資者外，應按資金貸與期間所屬年度一月一日臺灣銀行之基準利率計算公司利息收入課稅。
第24-4條
自一百年度起，總機構在中華民國境內經營海運業務之營利事業，符合一定要件，經中央目的事業主管機關核定者，其海運業務收入得選擇依第二項規定按船舶淨噸位計算營利事業所得額；海運業務收入以外之收入，其所得額之計算依本法相關規定辦理。
前項營利事業每年度海運業務收入之營利事業所得額，得依下列標準按每年三百六十五日累計計算：
一、各船舶之淨噸位在一千噸以下者，每一百淨噸位之每日所得額為六十七元。
二、超過一千噸至一萬噸者，超過部分每一百淨噸位之每日所得額為四十九元。
三、超過一萬噸至二萬五千噸者，超過部分每一百淨噸位之每日所得額為三十二元。
四、超過二萬五千噸者，超過部分每一百淨噸位之每日所得額為十四元。
營利事業經營海運業務收入經依第一項規定選擇依項規定計算營利事業所得額者，一經選定，應連續適用十年，不得變更；適用期間如有不符合第一項所定一定要件，經中央目的事業主管機關廢止核定者，自不符合一定要件之年度起連續五年，不得再選擇依前項規定辦理。
營利事業海運業務收入選擇依第二項規定計算營利事業所得額者，其當年度營利事業所得稅結算申報，不適用下列規定：
一、第三十九條第一項但書關於虧損扣除規定。
二、其他法律關於租稅減免規定。
第一項之一定要件、業務收入範圍、申請之期限、程序及其他應遵行事項之辦法，由財政部會商中央目的事業主管機關定之。
第24-5條
營利事業當年度房屋、土地交易所得或損失之計算，以其收入減除相關成本、費用或損失後之餘額為所得額。但依土地稅法規定繳納之土地增值稅，除屬未自該房屋、土地交易所得額減除之土地漲價總數額部分之稅額外，不得列為成本費用。
營利事業依前項規定計算之房屋、土地交易所得，減除依土地稅法第三十條第一項規定公告土地現值計算之土地漲價總數額後之餘額，不併計營利事業所得額，按下列規定稅率分開計算應納稅額，合併報繳；其在中華民國境內無固定營業場所者，由營業代理人或其委託之代理人代為申報納稅：
一、總機構在中華民國境內之營利事業：
（一）持有房屋、土地之期間在二年以內者，稅率為百分之四十五。
（二）持有房屋、土地之期間超過二年，未逾五年者，稅率為百分之三十五。
（三）持有房屋、土地之期間超過五年者，稅率為百分之二十。
（四）因財政部公告之非自願性因素，交易持有期間在五年以下之房屋、土地者，稅率為百分之二十。
（五）營利事業以自有土地與營利事業合作興建房屋，自土地取得之日起算五年內完成並銷售該房屋、土地者，稅率為百分之二十。
（六）營利事業提供土地、合法建築物、他項權利或資金，依都市更新條例參與都市更新，或依都市危險及老舊建築物加速重建條例參與重建，於興建房屋完成後取得之房屋及其坐落基地第一次移轉且其持有期間在五年以下者，稅率為百分之二十。
二、總機構在中華民國境外之營利事業：
（一）持有房屋、土地之期間在二年以內者，稅率為百分之四十五。
（二）持有房屋、土地之期間超過二年者，稅率為百分之三十五。
營利事業依第一項規定計算之當年度房屋、土地交易損失，應先自當年度適用相同稅率之房屋、土地交易所得中減除，減除不足部分，得自當年度適用不同稅率之房屋、土地交易所得中減除，減除後尚有未減除餘額部分，得自交易年度之次年起十年內之房屋、土地交易所得減除。
營利事業交易其興建房屋完成後第一次移轉之房屋及其坐落基地，不適用前二項規定，其依第一項規定計算之房屋、土地交易所得額，減除依土地稅法第三十條第一項規定公告土地現值計算之土地漲價總數額後之餘額，計入營利事業所得額課稅，餘額為負數者，以零計算；其交易所得額為負者，得自營利事業所得額中減除，但不得減除土地漲價總數額。
稽徵機關進行調查或復查時，營利事業未提示有關房屋、土地交易所得額之帳簿、文據者，稽徵機關應依查得資料核定；成本或費用無查得資料者，得依原始取得時房屋評定現值及公告土地現值按政府發布之消費者物價指數調整後，核定其成本，其費用按成交價額百分之三計算，並以三十萬元為限。
獨資、合夥組織營利事業交易房屋、土地，應由獨資資本主或合夥組織合夥人就該房屋、土地交易所得額，依第十四條之四至第十四條之七規定課徵所得稅，不計入獨資、合夥組織營利事業之所得額，不適用前五項規定。
第25條
總機構在中華民國境外之營利事業，在中華民國境內經營國際運輸、承包營建工程、提供技術服務或出租機器設備等業務，其成本費用分攤計算困難者，不論其在中華民國境內是否設有分支機構或代理人，得向財政部申請核准，或由財政部核定，國際運輸業務按其在中華民國境內之營業收入之百分之十，其餘業務按其在中華民國境內之營業收入之百分之十五為中華民國境內之營利事業所得額。但不適用第三十九條關於虧損扣除之規定。
前項所稱在中華民國境內之營業收入，其屬於經營國際運輸業務者，依左列之規定：
一、海運事業：指自中華民國境內承運出口客貨所取得之全部票價或運費。
二、空運事業：
（一）客運：指自中華民國境內起站至中華民國境外第一站間之票價。
（二）貨運：指承運貨物之全程運費。但載貨出口之國際空運事業，如因航線限制等原因，在航程中途將承運之貨物改由其他國際空運事業之航空器轉載者，按該國際空運事業實際載運之航程運費計算。
前項第二款第一目所稱中華民國境外之第一站，由財政部以命令定之。
第26條
國外影片事業在中華民國境內無分支機構，經由營業代理人出租影片之收入，應以其二分之一為在中華民國境內之營利事業所得額，其在中華民國境內設有分支機構者，出租影片之成本，得按片租收入百分之四十五計列。
第27條
營利事業之進貨，未取得進貨憑證或未將進貨憑證保存，或按址查對不確者，稽徵機關得按當年度當地該項貨品之最低價格，核定其進貨成本。
營利事業之銷貨，未給與他人銷貨憑證，或未將銷貨憑證存根保存者，稽徵機關得按當年度當地該項貨品之最高價格，核定其銷貨價格。
第28條
製造業耗用之原料，超過各該業通常水準者，其超過部份非經提出正當理由，經稽徵機關查明屬實者不予減除。
第29條
資本之利息為盈餘之分配，不得列為費用或損失。
第30條
借貸款項之利息，其應在本營業年度內負擔者，准予減除。
借貸款項約載利率，超過法定利率時，仍按當地商業銀行最高利率核計。但非銀行貸款，原經稽徵機關參酌市場利率核定最高標準者，得從其核定。
第31條
（刪除）
第31-1條
（刪除）
第32條
營利事業職工之薪資，合於左列規定者，得以費用或損失列支：
一、公司、合作社職工之薪資、經預先決定或約定執行業務之股東、董事、監察人之薪資，經組織章程規定或股東大會或社員大會預先議決，不論營業盈虧必須支付者。
二、合夥及獨資組織之職工薪資、執行業務之合夥人及資本主之薪資，不論營業盈虧必須支付，且不超過同業通常水準者。
第33條
適用勞動基準法之營利事業，依勞動基準法提撥之勞工退休準備金，或依勞工退休金條例提繳之勞工退休金或年金保險費，每年度得在不超過當年度已付薪資總額百分之十五限度內，以費用列支。
非適用勞動基準法之營利事業定有職工退休辦法者，每年度得在不超過當年度已付薪資總額百分之四限度內，提列職工退休金準備，並以費用列支。但營利事業設置職工退休基金，與該營利事業完全分離，其保管、運用及分配等符合財政部之規定者，每年度得在不超過當年度已付薪資總額百分之八限度內，提撥職工退休基金，並以費用列支。
已依前二項規定提撥勞工退休準備金、提列職工退休金準備或提撥職工退休基金者，以後職工退休或資遣，依規定發給退休金或資遣費時，應先由勞工退休準備金、職工退休金準備或職工退休基金項下支付或沖轉；不足支付或沖轉時，始得以當年度費用列支。
營利事業因解散、廢止、合併或轉讓，依第七十五條規定計算清算所得時，勞工退休準備金或職工退休金準備或職工退休基金之累積餘額，應轉作當年度收益處理。
第34條
建築物、船舶、機械、工具、器具、及其他營業上之設備，因擴充換置、改良、修理之支出，所增加之價值或效能，非兩年內所能耗竭者，為資本之增加，不得列為費用或損失。
第35條
凡遭受不可抗力之災害損失受有保險賠償部份，不得列為費用或損失。
第36條
營利事業之捐贈，得依左列規定，列為當年度費用或損失：
一、為協助國防建設、慰勞軍隊、對各級政府之捐贈，以及經財政部專案核准之捐贈，不受金額限制。
二、除前款規定之捐贈外，凡對合於第十一條第四項規定之機關、團體之捐贈，以不超過所得額百分之十為限。
第37條
業務上直接支付之交際應酬費用，其經取得確實單據者，得分別依左列之限度，列為費用或損失：
一、以進貨為目的，於進貨時所直接支付之交際應酬費用：全年進貨貨價在三千萬元以下者，以不超過全年進貨貨價千分之一點五為限；經核准使用藍色申報書者，以不超過全年進貨貨價千分之二為限。全年進貨貨價超過三千萬元至一億五千萬元者，超過部分所支付之交際應酬費用，以不超過千分之一為限；經核准使用藍色申報書者，以不超過千分之一點五為限。全年進貨貨價超過一億五千萬元至六億元者，超過部分所支付之交際應酬費用，以不超過千分之零點五為限；經核准使用藍色申報書者，以不超過千分之一為限。全年進貨貨價超過六億元者，超過部分所支付之交際應酬費用，以不超過千分之零點二五為限；經核准使用藍色申報書者，以不超過千分之零點五為限。
二、以銷貨為目的，於銷貨時直接所支付之交際應酬費用：全年銷貨貨價在三千萬元以下者，以不超過全年銷貨貨價千分之四點五為限；經核准使用藍色申報書者，以不超過全年銷貨貨價千分之六為限。全年銷貨貨價超過三千萬元至一億五千萬元者，超過部分所支付之交際應酬費用，以不超過千分之三為限；經核准使用藍色申報書者，以不超過千分之四為限。全年銷貨貨價超過一億五千萬元至六億元者，超過部分所支付之交際應酬費用，以不超過千分之二為限；經核准使用藍色申報書者，以不超過千分之三為限。全年銷貨貨價超過六億元者，超過部分所支付之交際應酬費用，以不超過千分之一為限；經核准使用藍色申報書者，以不超過千分之一點五為限。
三、以運輸貨物為目的，於運輸時直接所支付之交際應酬費用：全年貨運運價在三千萬元以下者，以不超過全年貨運運價千分之六為限；經核准使用藍色申報書者，以不超過全年貨運運價千分之七為限。全年貨運運價超過三千萬元至一億五千萬元者，超過部分所支付之交際應酬費用，以不超過千分之五為限；經核准使用藍色申報書者，以不超過千分之六為限。全年貨運運價超過一億五千萬元者，超過部分所支付之交際應酬費用，以不超過千分之四為限；經核准使用藍色申報書者，以不超過千分之五為限。
四、以供給勞務或信用為業者，以成立交易為目的，於成立交易時直接所支付之交際應酬費用：全年營業收益額在九百萬元以下者，以不超過全年營業收益額千分之十為限；經核准使用藍色申報書者，以不超過全年營業收益額千分之十二為限。全年營業收益額超過九百萬元至四千五百萬元者，超過部分所支付之交際應酬費用，以不超過千分之六為限；經核准使用藍色申報書者，以不超過千分之八為限。全年營業收益額超過四千五百萬元者，超過部分所支付之交際應酬費用，以不超過千分之四為限；經核准使用藍色申報書者，以不超過千分之六為限。
公營事業各項交際應酬費用支付之限度；由主管機關分別核定，列入預算。營利事業經營外銷業務，取得外匯收入者，除依前項各款規定列支之交際應酬費外，並得在不超過當年度外銷結匯收入總額百分之二範圍內，列支特別交際應酬費。
第38條
經營本業及附屬業務以外之損失，或家庭之費用，及各種稅法所規定之滯報金、怠報金、滯納金等及各項罰鍰，不得列為費用或損失。
第39條
以往年度營業之虧損，不得列入本年度計算。但公司組織之營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用第七十七條所稱藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，得將經該管稽徵機關核定之前十年內各期虧損，自本年純益額中扣除後，再行核課。
本法中華民國九十八年一月六日修正之條文施行前，符合前項但書規定之公司組織營利事業，經稽徵機關核定之以前年度虧損，尚未依法扣除完畢者，於修正施行後，適用修正後之規定。
第40條
營業期間不滿一年者，應將其所得額按實際營業期間，相當全年之比例，換算全年所得額，依規定稅率計算全年度稅額，再就原比例換算其應納稅額。
營業期間不滿一月者，以一月計算。
第41條
營利事業之總機構在中華民國境外，其在中華民國境內之固定營業場所或營業代理人，應單獨設立帳簿，並計算其營利事業所得額課稅。
第42條
公司、合作社及其他法人之營利事業，因投資於國內其他營利事業，所獲配之股利或盈餘，不計入所得額課稅。
第43條
（刪除）
第43-1條
營利事業與國內外其他營利事業具有從屬關係，或直接間接為另一事業所有或控制，其相互間有關收益、成本、費用與損益之攤計，如有以不合營業常規之安排，規避或減少納稅義務者，稽徵機關為正確計算該事業之所得額，得報經財政部核准按營業常規予以調整。
第43-2條
自一百年度起，營利事業對關係人之負債占業主權益超過一定比率者，超過部分之利息支出不得列為費用或損失。
前項營利事業辦理結算申報時，應將對關係人之負債占業主權益比率及相關資訊，於結算申報書揭露。
第一項所定關係人、負債、業主權益之範圍、負債占業主權益一定比率及其他應遵行事項之辦法，由財政部定之。
銀行、信用合作社、金融控股公司、票券金融公司、保險公司及證券商，不適用前三項規定。
第43-3條
營利事業及其關係人直接或間接持有在中華民國境外低稅負國家或地區之關係企業股份或資本額合計達百分之五十以上或對該關係企業具有重大影響力者，除符合下列各款規定之一者外，營利事業應將該關係企業當年度之盈餘，按其持有該關係企業股份或資本額之比率及持有期間計算，認列投資收益，計入當年度所得額課稅：
一、關係企業於所在國家或地區有實質營運活動。
二、關係企業當年度盈餘在一定基準以下。但各關係企業當年度盈餘合計數逾一定基準者，仍應計入當年度所得額課稅。
前項所稱低稅負國家或地區，指關係企業所在國家或地區，其營利事業所得稅或實質類似租稅之稅率未逾第五條第五項第二款所定稅率之百分之七十或僅對其境內來源所得課稅者。
關係企業自符合第一項規定之當年度起，其各期虧損經所在國家或地區或中華民國合格會計師查核簽證，並由營利事業依規定格式填報及經所在地稽徵機關核定者，得於虧損發生年度之次年度起十年內自該關係企業盈餘中扣除，依第一項規定計算該營利事業投資收益。
營利事業於實際獲配該關係企業股利或盈餘時，在已依第一項規定認列投資收益範圍內，不計入所得額課稅；超過已認列投資收益部分，應於獲配年度計入所得額課稅。其獲配股利或盈餘已依所得來源地稅法規定繳納之所得稅，於認列投資收益年度申報期間屆滿之翌日起五年內，得由納稅義務人提出所得來源地稅務機關發給之納稅憑證，並取得所在地中華民國駐外機構或其他經中華民國政府認許機構之驗證後，自各該認列投資收益年度結算應納稅額中扣抵；扣抵之數，不得超過因加計該投資收益，而依國內適用稅率計算增加之結算應納稅額。
前四項之關係人及關係企業、具有重大影響力、認列投資收益、實質營運活動、當年度盈餘之一定基準、虧損扣抵、國外稅額扣抵之範圍與相關計算方法、應提示文據及其他相關事項之辦法，由財政部定之。
第一項之關係企業當年度適用第四十三條之四規定者，不適用前五項規定。
第43-4條
依外國法律設立，實際管理處所在中華民國境內之營利事業，應視為總機構在中華民國境內之營利事業，依本法及其他相關法律規定課徵營利事業所得稅；有違反時，並適用本法及其他相關法律規定。
依前項規定課徵營利事業所得稅之營利事業，其給付之各類所得應比照依中華民國法規成立之營利事業，依第八條各款規定認定中華民國來源所得，並依本法及其他相關法律規定辦理扣繳與填具扣（免）繳憑單、股利憑單及相關憑單；有違反時，並適用本法及其他相關法律規定。但該營利事業分配非屬依第一項規定課徵營利事業所得稅年度之盈餘，非屬第八條規定之中華民國來源所得。
第一項所稱實際管理處所在中華民國境內之營利事業，指營利事業符合下列各款規定者：
一、作成重大經營管理、財務管理及人事管理決策者為中華民國境內居住之個人或總機構在中華民國境內之營利事業，或作成該等決策之處所在中華民國境內。
二、財務報表、會計帳簿紀錄、董事會議事錄或股東會議事錄之製作或儲存處所在中華民國境內。
三、在中華民國境內有實際執行主要經營活動。
前三項依本法及其他相關法律規定課徵所得稅、辦理扣繳與填發憑單之方式、實際管理處所之認定要件及程序、證明文件及其他相關事項之辦法，由財政部定之。