所得稅法稽徵程序中第三節調查，規範了稽徵機關對納稅義務人結算申報的調查核定與相關程序。稽徵機關接到申報書後，需派員調查並核定所得額及應納稅額，可採分業抽樣方式設定標準，對異常申報進行個別調查。核定稅額後須發送通知，若符合免退免補條件可以公告替代通知。納稅義務人需配合提示帳簿文據，若未依規定提供，稽徵機關得依現有資料核定所得額；對重大逃稅疑案則得調查資產淨值與資金流程，納稅人需舉證有利事實。此外，調查期間納稅人可因正當理由申復，稽徵機關需於資料提送後七日內返還文件，特例下可延長。此一系列規範旨在保障稅收公平並兼顧行政效率與納稅人權益。
第80條
稽徵機關接到結算申報書後，應派員調查，核定其所得額及應納稅額。
前項調查，稽徵機關得視當地納稅義務人之多寡採分業抽樣調查方法，核定各該業所得額之標準。
納稅義務人申報之所得額如在前項規定標準以上，即以其原申報額為準。但如經稽徵機關發現申報異常或涉有匿報、短報或漏報所得額之情事，或申報之所得額不及前項規定標準者，得再個別調查核定之。
各業納稅義務人所得額標準之核定，應徵詢各該業同業公會之意見。
稽徵機關對所得稅案件進行書面審核、查帳審核與其他調查方式之辦法，及對影響所得額、應納稅額及稅額扣抵計算項目之查核準則，由財政部定之。
第81條
該管稽徵機關應依其查核結果填具核定稅額通知書，連同各計算項目之核定數額送達納稅義務人。
前項通知書之記載或計算有錯誤時，納稅義務人得於通知書送達後十日內，向該管稽徵機關查對，或請予更正。
綜合所得稅結算申報案件，經查核結果有下列情形之一者，該管稽徵機關得以公告方式，載明申報業經核定，代替核定稅額通知書之填具及送達：
一、依申報應退稅款辦理退稅。
二、無應補或應退稅款。
三、應補或應退稅款符合免徵或免退規定。
第82條
（刪除）
第82-1條
（刪除）
第83條
稽徵機關進行調查或復查時，納稅義務人應提示有關各種證明所得額之帳簿、文據；其未提示者，稽徵機關得依查得之資料或同業利潤標準，核定其所得額。
前項帳簿、文據，應由納稅義務人依稽徵機關規定時間，送交調查；其因特殊情形，經納稅義務人申請，或稽徵機關認有必要，得派員就地調查。
納稅義務人已依規定辦理結算申報，但於稽徵機關進行調查時，通知提示有關各種證明所得額之帳簿、文據而未依限期提示者，稽徵機關得依查得之資料或同業利潤標準核定其所得額；嗣後如經調查另行發現課稅資料，仍應依法辦理。
第83-1條
稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查時，如發現納稅義務人有重大逃漏稅嫌疑，得視案情需要，報經財政部核准，就納稅義務人資產淨值、資金流程及不合營業常規之營業資料進行調查。
稽徵機關就前項資料調查結果，證明納稅義務人有逃漏稅情事時，納稅義務人對有利於己之事實，應負舉證之責。
第84條
稽徵機關於調查或復查時，得通知納稅義務人本人或其代理人到達辦公處所備詢。
納稅義務人因正當理由不能按時到達備詢者，應於接到稽徵機關通知之日起七日內，向稽徵機關申復。
第85條
戶籍機關依法辦理戶籍異動登記時，應抄副本分送當地稽徵機關。
第86條
納稅義務人及其他關係人提供帳簿文據時，該管稽徵機關應掣給收據，並於帳簿文據提送完全之日起七日內發還之，其有特殊情形經該管稽徵機關首長核准者，得延長發還時間七日。
第87條
（刪除）