所得稅法第四章稽徵程序第五節自繳相關規定明確界定納稅義務人及扣繳義務人應遵守的程序與責任。第98條規範納稅人應填用繳款書自繳或於稽徵機關通知後十日內繳納，以確保稅務公平並避免延誤繳納導致法律風險。第98-1條針對國際運輸事業繳納營利所得稅進行細分，確保境外企業合規納稅，促進跨境稅務透明。第99條則提供利用扣繳憑單抵繳稅款的靈活性，降低資金壓力並優化結算效率。第100條進一步說明結算申報後的稅款退補程序，強調稽徵機關需迅速處理退稅事宜，保障納稅人權益。第100-2條針對短繳稅款加計利息，提醒申報應符合規範，避免額外負擔。第101條保障會計年度變更的稅務一致性，而第102條則允許委託會計師辦理稅務事宜，提升申報品質並享受相關獎勵。整體規範旨在促進稅務透明、公平及效率。
第98條
依本法規定由納稅義務人自行繳納之稅款及扣繳義務人扣繳之稅款，應由繳款人填用繳款書繳納之。
依本法規定由稽徵機關填發繳款書通知繳納之稅款，納稅義務人應於繳款書送達後十日內繳納之。
第98-1條
總機構在中華民國境外之營利事業，依第二十五條規定經財政部核准或核定適用該條規定計算其中華民國境內之營利事業所得額者，應依左列規定繳納其應納營利事業所得稅：
一、在中華民國境內設有分支機構者，應由該分支機構依照第六十七條之規定繳納暫繳稅款並辦理暫繳申報。年度終了後，再依第七十一條之規定繳納結算應納稅款並辦理結算申報。
二、在中華民國境內未設分支機構而有營業代理人者，應由營業代理人負責扣繳。營業代理人依約定不經收價款者，應照有關扣繳規定負責報繳或報經主管稽徵機關核准由給付人扣繳。
三、在中華民國境內未設分支機構及營業代理人者，應由給付人於給付時扣繳。
第99條
納稅義務人於繳納暫繳稅款時，得憑扣繳憑單抵繳，如不足額，另以現金補足，如超過暫繳稅款數額時，其超過之數，留抵本年度結算稅額。
第100條
納稅義務人每年結算申報所得額經核定後，稽徵機關應就納稅義務人全年應納稅額，減除暫繳稅額、未抵繳之扣繳稅額、依第十五條第四項規定計算之可抵減稅額及申報自行繳納稅額後之餘額，填發繳款書，通知納稅義務人繳納。但依法不併計課稅之所得之扣繳稅款，不得減除。
納稅義務人結算申報，經核定有溢繳稅款者，稽徵機關應填發收入退還書或國庫支票，退還溢繳稅款。
其後經復查、或訴願、或行政訴訟決定應退稅或補稅者，稽徵機關應填發繳款書，或收入退還書或國庫支票，送達納稅義務人，分別退補；應補稅之納稅義務人，應於繳款書送達後十日內繳納之。
前二項應退之稅款，稽徵機關於核定後，應儘速填發收入退還書或國庫支票送達納稅義務人，至遲不得超過十日，收入退還書之退稅期間以收入退還書送達之日起三個月內為有效期間，逾期不退。
納稅義務人依第一百零二條之二規定申報之未分配盈餘，經稽徵機關核定補稅或退稅者，準用第一項至第四項之規定。
第100-1條
（刪除）
第100-2條
綜合所得稅納稅義務人結算申報所列報之免稅及扣除項目或金額，及營利事業所得稅納稅義務人結算申報所列報減除之各項成本、費用或損失、投資抵減稅額，超過本法及附屬法規或其他法律規定之限制，致短繳自繳稅款，經稽徵機關核定補繳者，應自結算申報期限截止之次日起，至繳納補徵稅款之日止，就核定補徵之稅額，依第一百二十三條規定之存款利率，按日加計利息，一併徵收。但加計之利息，以一年為限。
依前項規定應加計之利息金額不超過一千五百元者，免予加計徵收。
第101條
會計年度屬於第二十三條但書之規定者，仍適用本章各節條文之規定，其關於各種期限之計算，均應比照辦理。
第102條
納稅義務人對於本章規定各節，有關應行估計報告、申報或申請復查、訴願及行政訴訟等事項，得委託會計師或其他合法代理人代為辦理；其代理辦法，由財政部定之。
在一定範圍內之營利事業，其營利事業所得稅結算申報，應委託會計師或其他合法代理人查核簽證申報；其辦法由財政部定之。
營利事業之營利事業所得稅結算申報，委託會計師或其他合法代理人查核簽證申報者，得享受本法對使用藍色申報書者所規定之各項獎勵。