所得稅法第六章附則主要規範施行細則、文件格式、稅收計算基準、國際協定適用及條文施行日期等內容，為法律的執行提供具體操作框架。第121條授權財政部制定相關表單及施行細則，提升規範適應性與操作性。第122條強調書表簿格式統一化，減少行政爭議並增進效率。第123條以郵政儲金一年期定期儲金固定利率作為存款利率基準，確保稅務公平性及透明性。第124條保障國際所得稅協定的優先適用，避免稅務重複課徵並促進跨境合作。第125-1條及第125-2條分別針對稅款退還與稅收運用制定詳細規範，保障納稅人權益並促進社會福祉。第126條明確列舉修法施行日期，提供法律適用的穩定性與過渡期。整體來看，此章節凸顯所得稅法執行的全面性及彈性，為納稅人提供清晰指引並提升稅制效率與公平性。
第121條
本法施行細則、固定資產耐用年數表及遞耗資產耗竭率表，由財政部定之。
第122條
本法所稱各種書、表、簿、據格式，除法律另有規定外，由財政部製定之。
第123條
本法所稱當地銀行業通行之存款利率，指郵政儲金一年期定期儲金固定利率。
第124條
凡中華民國與其他國家所簽訂之所得稅協定中，另有特別規定者，依其規定。
第125條
（刪除）
第125-1條
受雇主僱用從事工作獲致工資之勞工，於中華民國七十三年八月一日以後至本法修正施行之前領取撫卹金、退休金、資遣費及非屬保險給付之養老金，原已繳納稅款者，得於本法修正施行後，五年內提出申請發還溢繳之稅款；逾期未申請者，不得再行申請。經稽徵機關核定應發還之稅款，應自納稅義務人繳納該項稅款之日起，至填發國庫支票之日止，按發還稅額，依繳納稅款之日郵政儲金一年期定期儲金固定利率，按日加計利息，一併發還。
依前項規定申請發還原已繳納之稅款，其於本法修正施行前未逾五年期限案件，應由納稅義務人提出申請；已逾五年期限案件，應由納稅義務人提出具體證明申請。
第125-2條
依第十四條之四至第十四條之八及第二十四條之五規定計算課徵之所得稅稅課收入，扣除由中央統籌分配予地方之餘額，循預算程序用於住宅政策及長期照顧服務支出；其分配及運用辦法，由財政部會同內政部及衛生福利部定之。
第126條
本法自公布日施行。但中華民國九十四年十二月二十八日修正公布之第十七條，自九十四年一月一日施行；九十七年一月二日修正公布之第十四條第一項第九類，自九十七年一月一日施行；九十七年十二月二十六日修正公布之第十七條，自九十七年一月一日施行；九十八年五月二十七日修正公布之第五條第二項及九十九年六月十五日修正公布之同條第五項，自九十九年度施行；一百年一月十九日修正公布之第四條第一項第一款、第二款及第十七條第一項第一款第四目，自一百零一年一月一日施行；一百零一年八月八日修正公布條文，自一百零二年一月一日施行；一百零四年六月二十四日修正公布條文，自一百零五年一月一日施行；一百零四年十二月二日修正公布條文，自一百零五年一月一日施行；一百零八年七月二十四日修正公布條文，自一百零八年一月一日施行；一百十年四月二十八日修正公布條文，自一百十年七月一日施行。
本法中華民國九十年六月十三日修正公布條文、一百零三年一月八日修正公布條文、一百零五年七月二十七日修正公布條文及一百十三年七月十五日修正之條文施行日期，由行政院定之；一百零三年六月四日修正公布條文，除第六十六條之四、第六十六條之六及第七十三條之二自一百零四年一月一日施行外，其餘條文自一百零四年度施行。
本法中華民國一百零七年二月七日修正公布條文，自一百零七年一月一日施行。但第五條、第六十六條之九、第七十一條、第七十五條、第七十九條、第一百零八條及第一百十條，自一百零七年度施行，第七十三條之二自一百零八年一月一日施行。